Фамилия Хонка — редкий случай, когда русская по форме фамилия имеет почти наверняка финское или карельское происхождение. Если судить по окончанию, она могла бы быть образована по модели фамилий на -ка (вроде Лёвка, Минька), но в русской традиции такие фамилии обычно сокращали от крестильных имён. С Хонка всё иначе: основа здесь не славянская, а прибалтийско-финская.

В финском и карельском языках «honka» означает «сосна», причём не любая, а старая, крупная, смолистая. Это слово широко использовалось в топонимике — в Карелии, Финляндии и на северо-западе России множество деревень, озёр и урочищ с корнем Хонк- (Хонкасалми, Хонкалахти). Фамилия Хонка могла возникнуть как прозвище человека, жившего у такого места, либо как указание на его занятие — например, смолокурение или лесосплав. В среде карелов и финнов фамилии на -а нередки, и в XIX веке, когда крестьянам начали массово присваивать фамилии, многие взяли себе название родной деревни или природного объекта.

Вторая, менее вероятная версия связывает Хонку с украинским или польским диалектным «хонка» — так могли называть ханжу или прижимистого человека. Но эта гипотеза слабая: слово не зафиксировано в основных словарях восточнославянских говоров, а география фамилии указывает скорее на Северо-Запад России и Прибалтику.

С точки зрения словообразования фамилия стоит особняком. В русском ономастиконе нет суффикса, который бы превращал Хонка в типичную русскую фамилию — нет ни -ов, ни -ин, ни -ский. Это говорит о том, что фамилия либо сохранилась в исходной финно-угорской форме, либо была русифицирована минимально, без добавления патронимического суффикса. Встречаются варианты Хонко и Хонков, но именно Хонка — наиболее архаичный и прямой след субстратного населения русского Севера.

Носители фамилии Хонка сегодня живут в основном в Карелии, Ленинградской области и в Санкт-Петербурге. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается среди крестьян Олонецкой губернии и православных карел, что подтверждает её северное происхождение. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет, но для ономастики она ценна как живое свидетельство языковых контактов на границе финского и русского миров.