Фамилия Хонкарян — яркий пример армянской модели фамильного имени, образованного при помощи суффикса -ян, который в русской передаче часто выглядит как -ян (в оригинале -յան). Этот суффикс указывает на принадлежность к роду или происхождение от предка, чьё имя или прозвище легло в основу. В армянской ономастике суффикс -ян выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев, -ин, и встречается у подавляющего большинства армянских фамилий: от древних княжеских родов до поздних фамилий, возникших в XIX–XX веках.

Основа фамилии — «Хонкар». Это слово не имеет прямого и однозначного толкования в современном армянском языке. Наиболее вероятная версия связывает его с персидским или тюркским заимствованием. В тюркских языках «хонкар» (или «хункяр») означает «владыка», «господин», «султан». Это слово попало в армянскую среду через османское влияние, особенно в Западной Армении (территория современной Турции). Прозвище Хонкар мог получить человек, служивший у знатного лица, носивший прозвище «господин» за важный вид или имевший отношение к администрации. Менее распространённая, но возможная версия — связь с армянским словом «хонк» (хонк — «голубь»), где «ар» могло быть суффиксом деятеля, но это звучит натянуто и не подтверждается типовыми словообразовательными моделями.

Географически фамилия Хонкарян тяготеет к западноармянским областям — к историческим регионам вокруг Вана, Муша, Эрзерума. После геноцида армян 1915 года носители фамилии расселились по всему миру: в Армению, Россию, США, Францию, Ливан. В России фамилия встречается редко, но её можно найти в Краснодарском крае, Ростовской области, Москве — в местах компактного проживания армянских общин.

С точки зрения социального статуса, фамилия не указывает на дворянское или духовное происхождение. Скорее всего, она принадлежала ремесленникам, торговцам или крестьянам, получившим прозвище по роду занятий или внешности. В армянской среде фамилии на -ян не различали сословий: одинаково легко они давались и князьям, и простолюдинам, поэтому по одной фамилии определить социальный слой предков невозможно.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Ханкарян, Хункярян — показывает, что корень «хонкар»/«хункяр» не уникален, но встречается реже, чем фамилии от имён (Ованнесян, Петросян). Это делает Хонкарян фамилией с прозрачной, но неочевидной этимологией, которая скорее всего восходит к тюркскому титулу, переосмысленному в армянской среде.