Фамилия Хонькина хранит память о прозвище дальнего предка, и у этого прозвища есть как минимум две трактовки, которые уводят нас в разные стороны — в народный быт и в библейскую историю.

Начнем с версии, которая лежит на поверхности. Прозвище Хонька связано с диалектным глаголом «хонькать» — тужить, горевать, охать, плакаться. В этом случае Хонькой могли назвать человека с тяжелой судьбой, того, кто часто жаловался на жизнь или вызывал сочувствие окружающих. Однако более правдоподобной выглядит другая, охранительная трактовка. В крестьянской среде было распространено суеверие: чтобы обмануть злых духов и уберечь ребенка от бед, родители нарочно давали ему «несчастливое» имя. Надеясь вырастить счастливого и благополучного сына, они могли назвать его Хонькой — как бы заранее оплакивая его, чтобы настоящая беда обошла дом стороной. Такой оберег был призван отвести от мальчика горе, которое, по поверью, не должно было коснуться того, кого уже «оплакали» в имени.

Существует и иная гипотеза, выводящая фамилию за пределы славянской традиции. Согласно ей, Хонька — это производная форма женского древнееврейского имени Ханна, что значит «грациозная», «миловидная». В этом случае фамилия могла возникнуть в среде, где имя Ханна было распространено, а его уменьшительная форма со временем закрепилась как семейное прозвание.

Какая бы версия ни была верна для конкретной семьи, словообразовательная модель здесь прозрачна. Основа Хоньк- оформлена типичным для русских фамилий суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: Хонькина — это «дочь или жена Хоньки», а сам Хонька — потомок человека по прозвищу Хонька. Форма на -ин характерна для фамилий, образованных от слов с конечным -а или -я, и широко бытовала в северных и центральных русских говорах, а также в среде простонародья, где прозвища легко становились семейными именованиями.

Прозвище Хонька, каким бы оно ни было по происхождению, закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии. Так потомок человека, обладающего прозвищем Хонька, получил фамилию Хонькина, которая и сегодня несет в себе отпечаток либо суеверной родительской заботы, либо древнего имени с библейскими корнями.