Фамилия Хонько звучит на украинский лад и почти наверняка имеет южнорусское или украинское происхождение. Суффикс -ко — один из самых распространённых в украинской ономастике, он образует фамилии от прозвищ, имён и названий профессий, придавая им уменьшительно-ласкательный или просто обиходный оттенок. В русских фамилиях такой суффикс встречается реже, но на землях бывшей Гетманщины и Слобожанщины он был практически нормой.

Основа фамилии — «Хонь». Это усечённая или народная форма крестильного имени. Скорее всего, перед нами вариант имени Афанасий. В украинском языке это имя звучало как Опанас, а в просторечии давало множество сокращений: Панас, Хома, Хоня. Переход «ф» в «х» — типичное явление для восточнославянских говоров, где греческое «θ» (фита) часто заменялось на «х» или «т». Таким образом, Хонько — это «маленький Хоня» или «сын Хони», то есть потомок человека, которого в быту звали Хоней вместо Афанасия.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых западных говорах «хонь» могло быть прозвищем, связанным с глаголом «хонькать» — ворчать, ныть, или с существительным «хонь» в значении «скупой, прижимистый человек». Но имя Афанасий даёт более стройное и распространённое объяснение: фамилии с основой Хон- (Хоня, Хонько, Хоненко) встречаются в Украине повсеместно, а вот прозвищная база для них не зафиксирована в крупных ономастических словарях как основная.

Фамилия Хонько не относится к дворянским или аристократическим. Её носители — это, скорее всего, потомки крестьян или казаков. В реестрах запорожского казачества и в метрических книгах Полтавской, Черниговской и Харьковской губерний встречаются однофамильцы, что указывает на широкое бытование фамилии в крестьянской и мещанской среде. Географически фамилия и сегодня чаще всего встречается в центральной и восточной Украине, а также в приграничных областях России — там, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские крестьяне.