Фамилия Хонюков — один из тех случаев, когда стандартная модель «от имени или прозвища» сталкивается с неочевидной основой. Внешне она выглядит типичной отчества на -ов, образованного от прозвища или имени, но вот само слово «Хонюк» в современном русском языке не встречается. Чтобы понять, откуда оно взялось, придётся покопаться в диалектах и старых прозвищах.

Самая вероятная версия связывает основу с украинским или южнорусским словом «хоня» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, медлительного или неопрятного человека. Слово это, в свою очередь, могло быть заимствованием из польского или белорусского, где «chonić» означало «тащить, волочить» — отсюда и прозвище для того, кто ходит вразвалку или мешкает. Суффикс -ук (Хонюк) характерен для западнорусских и украинских фамилий: он указывает на уменьшительную или уничижительную форму, то есть Хонюк — это «маленький хоня» или «сын хони». А уже от этого прозвища по принципу «чей?» образовалась фамилия Хонюков.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — от календарного имени Хонор (Honorius), которое в народном произношении могло сократиться до Хоня. Однако имя это было редким, и следов такой трансформации в русской ономастике почти нет, поэтому прозвищное происхождение выглядит убедительнее.

Географически фамилия Хонюков тяготеет к югу России и Украине, особенно к Курской, Белгородской и Воронежской областям. Там же встречаются однокоренные фамилии Хоняков, Хоненков, Хонин — все они образованы от того же прозвищного корня. В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего числились крестьянами или однодворцами, что подтверждает народное, а не дворянское происхождение.

Таким образом, предок современных Хонюковых, скорее всего, получил прозвище за свою медлительность или неловкость — по тем временам вполне обычная бытовая характеристика, которая закрепилась за родом и превратилась в фамилию.