Фамилия Хонюкова — женская форма от Хонюков, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, которое легло в основу. В центре внимания здесь корень «Хон-», который не так прост, как кажется на первый взгляд. Самая вероятная версия связывает его с древнерусским или диалектным словом «хоня» — так в некоторых регионах называли вялого, медлительного или чересчур спокойного человека. Прозвище Хоня могли дать тому, кто отличался неторопливостью или даже ленью, и от него через патронимический суффикс «-юк» (указывающий на принадлежность: «сын Хони») образовалась фамилия Хонюк, а затем и Хонюков.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с тюркскими корнями. В языках тюркской группы «хон» или «кон» могло означать «солнце» или «свет», однако такая этимология для русской фамилии менее вероятна без дополнительных исторических свидетельств о миграции носителей. Суффикс «-юк» в русских фамилиях чаще всего встречается на юго-западных землях, особенно в украинском и белорусском ареалах, что указывает на возможное происхождение рода из этих регионов. Таким образом, предок Хонюковых мог быть выходцем из Малороссии или Белоруссии, где прозвища с уменьшительным суффиксами были особенно популярны.

Интересно, что фамилия Хонюков встречается редко, и её написание могло меняться в зависимости от диалекта: например, в некоторых документах XIX века можно найти варианты «Хонюк» или «Ханюков». Это не ошибка, а отражение живой речи, где безударные гласные «о» и «а» звучали почти одинаково. Социальный контекст фамилии типичен для крестьянского сословия: прозвища, описывающие характер, давали простым людям, а не знати, поэтому Хонюковы, скорее всего, были земледельцами или ремесленниками.