Фамилия Хоненко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала самой массовой на Левобережье и Слобожанщине. Суффикс -енко исторически означал «маленький» или «сын»: Хоненко — буквально «сын или потомок Хоны». Вопрос в том, что скрывается за основой «Хон-».

Самая вероятная версия — что Хоненко образовано от украинской или белорусской формы канонического имени Афанасий. В народной речи имя Афанасий давало целый ряд сокращений: Афоня, Фоня, Хвоня, а в украинском произношении — Хона. Уменьшительное Хоня (или Хоник) и стало прямым источником фамилии. По этой же модели возникли фамилии Хоняк, Хонин, Хонько. Если принять эту версию, то предок носителя фамилии Хоненко — человек по имени Афанасий, которого в быту звали Хоней.

Есть и менее распространённая версия — от прозвища Хона, связанного с диалектным глаголом «хонити» (чистить, холить, оберегать). В таком случае прозвище мог получить опрятный, заботливый человек или, наоборот, тот, кто занимался уходом за скотом или лошадьми. Но эта гипотеза слабее: фамилии от глагольных основ с суффиксом -енко встречаются реже, чем от личных имён.

В исторических документах фамилия встречается с XVIII века в реестрах казацких полков и метрических книгах Полтавщины и Черниговщины — регионов, где суффикс -енко был практически универсальным для обозначения сыновней принадлежности. Среди современных носителей фамилии Хоненко есть учёные, деятели культуры, но в целом фамилия остаётся сравнительно редкой и сконцентрирована в Украине и среди украинской диаспоры.

Таким образом, Хоненко — фамилия с прозрачной украинской словообразовательной моделью и основой, восходящей к народной форме имени Афанасий.