Фамилия Хонинева — женская форма, а её мужской вариант — Хонинев. Эта фамилия редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, нужно отбросить суффикс -ев, который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность («чей?» — сын Хонина). Основа здесь — Хонин, а она, в свою очередь, образована от имени или прозвища Хоня.

Самая вероятная версия связывает Хоню с уменьшительной формой крестильного имени Хоним. Имя Хоним — это русская народная переработка греческого имени Онисим (что значит «полезный», «исполняющий»). В русском языке имя Онисим часто сокращали до Оня, а в диалектах с характерным «х» в начале (так называемое «придыхательное х», свойственное некоторым говорам) — до Хоня. Таким образом, Хонинев — это потомок человека по имени Хоним, которого в быту звали Хоня. Подобная модель словообразования встречается и в других фамилиях: Хохлов (от прозвища Хохол, а не от фамилии Хохлов), Харитонов (от Харитон).

Менее вероятный, но возможный вариант — происхождение от прозвища Хоня, данного по внешности или характеру. В некоторых диалектах «хоня» могло означать «малорослый», «щеголь» или «неуклюжий человек». Но без документальных подтверждений из конкретной местности эта версия остаётся предположительной. Географически фамилия Хонинев (и Хонинева) встречается крайне редко, в основном в центральных областях России, что косвенно поддерживает версию о происхождении от канонического имени: в северных и южных говорах такое «х» менее характерно.