Фамилия Хоныковы — редкий случай, где разбор начинается не с корня, а с суффикса. Перед нами типичная «фамилия на -ов», образованная от прозвища или имени Хо́нык. Но вот что интересно: в русской ономастике фамилии с основой «Хон-» встречаются нечасто, и почти всегда они указывают на диалектное или иноязычное происхождение.

Самая вероятная версия — прозвище Хо́нык связано с глаголом «хо́нить» или «хо́нать», который в некоторых говорах означал «беречь, холить, нежить» (ср. «хонь» — забота, уход в псковских и тверских говорах). Тогда Хонык — это человек, который заботливо относится к чему-то или кому-то, возможно, домовитый хозяин или нянька. Менее убедительна, но возможна связь с украинским «хінити» (гнуть, сгибать) — в этом случае прозвище могло относиться к сутулому человеку.

Третья версия, которую стоит упомянуть, — тюркская. В татарском и башкирском языках есть слово «хон» (кровь, родня), и Хонык могло быть прозвищем по родственным связям. Но для этой гипотезы нет убедительных письменных подтверждений в русских переписных книгах.

Географически фамилия Хоныковы тяготеет к южнорусским и поволжским регионам — такие корни чаще встречались в Рязанской, Тамбовской и Саратовской губерниях, где смешивались русские и тюркские говоры. В дореволюционных списках фамилия почти не фиксируется у дворян или купцов — скорее всего, Хоныковы были крестьянами или однодворцами.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Хонин, Хонев, Хоняков) показывает, что суффикс «-ык» в основе — редкий для русских прозвищ, чаще встречающийся в украинской традиции. Это может указывать на то, что первый носитель прозвища Хонык был выходцем с Украины или из белорусских земель, где уменьшительные формы на «-ык» (как Иванык, Петрык) были нормой.