Фамилия Хоникова — женская форма мужской фамилии Хоников. В русской традиции такие фамилии чаще всего образованы от прозвищ или мирских имён с помощью суффикса -ов/-ев, указывающего на принадлежность: «чей сын?» — Хоников. Основа здесь — Хоник, и это довольно редкий случай, когда корень неочевиден и требует разбора.

Самая вероятная версия: Хоник — вариант прозвища Хоня. В русских говорах «хоня» означало скромного, тихого, застенчивого человека, порой недотёпу. Слово могло звучать и как «хонька», «хонюшка». По модели «Хоня → Хоников» фамилия прошла через диалектное произношение, где безударное «о» после шипящего могло упрощаться или наоборот — закрепляться на письме. Сравните с фамилиями Хоняков, Хонин, Хонюков — они все от одного корня.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с именем Хонон, уменьшительным от канонического имени Феонон (греч. «божественное понимание»). В народной речи «Ф» часто переходило в «Х»: Феона — Хеона, Хонон. От Хонона могли образовать Хоник — через суффикс -ик, который в русских фамилиях встречается редко, но не исключён (ср. Фомин — Фомик, но это уже единичные случаи). Однако прозвищная версия выглядит естественнее: прозвища на -ик (Хоник, Босяник, Шустрик) были распространены в крестьянской среде.

Географически фамилия Хоников (и Хоникова) встречается редко, но фиксируется в основном в центральных и южных областях России — там, где бытовали говоры с «хоней». Сословно это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия: прозвища по характеру давали в среде, где фамилии оформились поздно, в XIX веке.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямого упоминания Хоникова нет, но модель полностью укладывается в типичную схему: прозвище на -а/я → суффикс -ов. Фамилия не дворянская и не искусственная — она «выросла» из живого общения, где человека прозвали Хоней, а дети пошли как Хониковы.