Фамилию Хорсуненко стоит разбирать, начав с суффикса: -енко. В украинской ономастике этот суффикс — один из самых распространённых, он означает «маленький», «сын» или «потомок». То есть Хорсуненко — это буквально «сын Хорсуна» или «потомок Хорсуна». Фамилия явно украинского происхождения и типична для левобережной Украины (Полтавщина, Черниговщина, Сумщина), где такие формы на -енко стали фамилиями в XVII–XVIII веках.

Основа фамилии — Хорсун. Это не полное имя, а скорее прозвище или сокращённая форма. Самая прямая версия: Хорсун — это народное, упрощённое произношение названия древнего города Херсонес (в русских летописях — Корсунь). Жителя Корсуни называли «корсунянин» или «хорсун». Прозвище Хорсун могли дать человеку, который пришёл из этого города или торговал с ним. Учитывая, что Корсунь (Херсонес) был крупным центром на юге, прозвище могло закрепиться за выходцем оттуда.

Есть и вторая, менее вероятная версия — связь с именем Хорс (древнеславянский бог солнца). В таком случае Хорсун — это ласкательная или уменьшительная форма от имени Хорс. Но эта гипотеза слабее: имя Хорс в быту не было распространено, а прозвища от языческих богов встречаются редко и обычно не в такой «бытовой» форме.

Написание с буквой «Х» вместо «К» (Хорсун вместо Корсун) — не ошибка, а диалектная или фонетическая особенность. В южнорусских и украинских говорах звук [к] перед гласным иногда переходил в [х] под влиянием местного произношения. Поэтому Хорсуненко и Корсуненко — это, по сути, одна и та же фамилия, разошедшаяся в написании. Встречаются также варианты Хорсун, Хорсунов, Хорсуненко.

Фамилия недворянская, а крестьянская или казацкая. В реестрах запорожского казачества и переписях Гетманщины можно найти носителей этой фамилии среди рядовых казаков или мещан. Известных исторических деятелей с фамилией Хорсуненко нет — это редкая фамилия, сохранившаяся в основном в Украине и среди украинской диаспоры.