Фамилия Хотякова — женская форма фамилии Хотяков, и её происхождение связано с личным именем или прозвищем Хотяк. В русской ономастике это довольно редкий случай, когда основа фамилии не имеет очевидной параллели с распространёнными каноническими именами (Иван, Пётр, Василий) или названиями профессий.

Скорее всего, в основе лежит древнерусское нецерковное имя Хотяк, образованное от глагола «хотеть» или прилагательного «хотячий» — то есть «желающий», «стремящийся», «усердный». Такие имена-пожелания были в ходу в XV–XVII веках: родители могли назвать сына Хотяком, желая ему деятельного и целеустремлённого характера. Суффикс -ак в этом имени типичен для прозвищной модели (ср. Добряк, Глушак, Крепыш), где он придаёт оттенок носителя качества.

По другой версии, Хотяк могло быть прозвищем, данным за капризный или своенравный нрав — «хочу — не хочу». Однако такая трактовка менее вероятна: в документах XVI–XVII веков (например, в актах по Северо-Восточной Руси) встречаются лица с именем Хотяк, и контекст не указывает на отрицательную окраску. Скорее, это был нейтральный антропоним, как и многие другие древнерусские имена.

Фамилия Хотяков (а значит, и Хотякова) могла возникнуть в разных регионах, но наиболее вероятны северные и центральные области России — там, где дольше сохранялась традиция нецерковных имён. В переписных книгах XVII века можно найти крестьян и посадских людей с такой фамилией, что говорит о её недворянском, народном происхождении. Суффикс -ов/-ев типичен для русских фамилий, образованных от имени отца: Хотяков буквально значит «сын Хотяка».

Сегодня фамилия Хотякова встречается нечасто, что делает её особенно ценной для тех, кто хочет проследить редкую родовую линию, уходящую корнями в допетровскую Русь.