Фамилия Ховаевы образовалась от прозвища Ховай, а оно, в свою очередь, восходит к диалектному глаголу «ховать». В псковском и калужском говорах это слово означает «хоронить, хранить». Отсюда и первая версия: Ховаем могли прозвать бережливого человека, который тщательно сберегал имущество и припасы. Такое прозвище указывало на черту характера, на отношение к дому и достатку.

Но у глагола есть и второе значение — «погребать, хоронить покойника». Поэтому Ховай могло быть и «профессиональным» именованием: так в народе могли называть человека, причастного к похоронным обрядам, например могильщика или того, кто готовил усопшего к погребению. Обе трактовки правдоподобны, и без дополнительных данных трудно сказать, какая из них точнее отражает историю конкретного рода. Впрочем, первая версия выглядит более универсальной: прозвища по чертам характера встречались чаще, чем именования по такой узкой профессии.

Сама модель фамилии проста и типична для славянской традиции: суффикс -ев присоединялся к основе на -й, указывая на принадлежность потомку человека по прозвищу Ховай. Сын Ховая становился Ховаевым, а его дети уже наследовали фамилию как родовое имя. Подобный путь прошли многие русские фамилии: прозвище закреплялось за человеком, а затем переходило к потомкам.

Стоит добавить, что глагол «ховать» знаком не только псковским и калужским говорам, но и украинскому, и белорусскому языкам, где он тоже означает «прятать, хранить». Это расширяет возможную географию происхождения фамилии: её корни могли уходить в юго-западные русские земли или в области, граничащие с Украиной и Белоруссией. Однако без генеалогических изысканий точно определить место и время возникновения фамилии нельзя — процесс формирования родовых имён был долгим и не всегда привязан к одной местности.