Фамилия Ховзунова — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она образована от прозвища, которое в свою очередь восходит к диалектному слову. В основе лежит корень «ховз-», который можно связать с глаголом «ховзать» в некоторых южнорусских и украинских говорах. «Ховзать» — значит скрести, тереть, двигать что-то с трудом, а также «медленно идти», «шаркать». Человека, который ходил вразвалку, шаркал ногами или, наоборот, был медлительным и нерасторопным, могли прозвать Ховзуном.

Суффикс «-ун» в русских прозвищах — типичный показатель деятеля или носителя характерного признака: говорун, ворчун, ховзун. Прозвище давалось по заметной манере поведения. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Ховзун → Ховзунов (чей? — сын Ховзуна) → Ховзунова (женская форма). Мужской вариант — Ховзунов — тоже существует, но встречается редко.

Географически фамилия тяготеет к югу России и, возможно, к Украине, где диалектный глагол «ховзать» более употребителен. В дореволюционных переписях она практически не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении или малой численности рода. Сословная принадлежность предков неясна, но прозвищные фамилии на «-ун» чаще встречались в крестьянской и мещанской среде.

Вторая, менее вероятная версия — связь с тюркским корнем, например, «ховуз» (в значении «бассейн», «водоём»), но для русского уха такое окончание нетипично, и фамилия тогда звучала бы иначе, скорее как Ховузов. Поэтому диалектная версия остаётся основной. Носительница фамилии Ховзунова может считать, что её предок был человеком с характерной походкой или неторопливым нравом — именно это качество и закрепилось в родовом имени.