Фамилия Хойденко звучит на украинский лад, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -енко, характерный для восточной и центральной Украины, указывает на происхождение от предка по имени или прозвищу Хойда. В украинской ономастике такие фамилии означали «сын Хойды» или «потомок Хойды». Вопрос упирается в то, что же такое «Хойда».

Самый прямой путь — разобрать основу. В украинских говорах слово «хойда» могло быть вариантом «гойда» — качели, колыбель, а глагол «гойдати» означает качать. Тогда прозвище Хойда дали человеку с характерной качающейся походкой, или же тому, кто изготавливал качели, или, в переносном смысле, — непостоянному, «ветреному» человеку. Однако есть и другая версия, более редкая и спорная: Хойда могло быть производным от имени Фаддей, в народной форме Ходей. В таком случае фамилия Хойденко — это «внук Ходея», с последующей заменой «д» на твердую «д» в украинской огласовке. Эта версия менее убедительна, так как от Фаддея чаще образовывались фамилии Ходеев, Ходенко, а форма Хойденко с дифтонгом «ой» указывает скорее на звукоподражательную или прозвищную природу.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к историческим территориям Черниговщины, Полтавщины и Слобожанщины, где суффикс -енко был основным способом фамилеобразования. В дореволюционных метрических книгах Хойденко встречается в основном среди казацкого и крестьянского сословий, что типично для этой модели. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладали у великорусского дворянства и духовенства, Хойденко — фамилия народная, без сословного налёта.

Таким образом, носитель фамилии Хойденко, скорее всего, потомок человека, которого в украинской среде прозвали Хойдой — либо за манеру ходить вразвалку, либо за ремесло, связанное с качелями. В любом случае, корень фамилии — живой, бытовой, а не книжный, что и делает её характерной для украинской антропонимии.