Фамилия Хожибабаев — редкий пример тюрко-персидского гибрида, который сформировался в среде узбекского, таджикского или каракалпакского языков. Её основа — имя Хожибаба, где первая часть «хожи» (от арабского «хаджи») означает мусульманина, совершившего паломничество в Мекку, а вторая — «баба» (тюркское «отец, дед, почтенный старик»). Сложно сказать, было ли это имя дано при рождении или стало прозвищем: скорее всего, так называли человека, который уже побывал в хадже и имел в общине авторитет старшего. Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию фамилии в документах XIX–XX веков, когда в Средней Азии фиксировали фамилии по отцовской линии. В исходной форме фамилия звучала бы как Хожибабаевич или Хожибабаев.

Географически фамилия тяготеет к Узбекистану, особенно к Самаркандской и Бухарской областям, где сильно влияние таджикского языка и традиция давать имена с «хожи». Встречается она и в Таджикистане, но реже. В России носители Хожибабаевы — почти всегда потомки мигрантов из Средней Азии, чаще всего узбеки. Сословного разнообразия тут не было: предки — крестьяне-земледельцы, ремесленники или торговцы, а не аристократия. Интересная деталь: в дореволюционных записях фамилию могли писать через «дж» (Ходжибабаев) или с одним «б» (Хожибабаев), что отражает разницу в произношении: в таджикском «хожи» звучит мягче, чем в узбекском «хожи».

Сравните с однокоренными фамилиями: Хаджибабаев (арабизированный вариант), Хожиев, Бабаев. Если Хожибабаев — это «сын хаджи-старца», то Бабаев — просто «сын деда» или «сын почтенного», без отсылки к паломничеству. Фамилия не получила широкой известности за пределами региона, и в исторических источниках она не фигурирует. Единственное, что можно сказать с уверенностью: носитель такой фамилии почти наверняка происходит из семьи, где уважали религиозный статус и возраст — два столпа традиционного общества Средней Азии.