Фамилия Храпонова — женская форма, а её основа — мужская фамилия Храпонов, которая образована от прозвища или мирского имени Храпон. В русской ономастике суффикс -ов указывает на принадлежность: Храпонов буквально значит «сын Храпона» или «из семьи Храпона».

Корень здесь — «храп», слово, которое в древнерусском языке имело прямое значение («громкое дыхание во сне»), но также использовалось как прозвище. Храпоном могли назвать человека, который громко храпит, или же того, кто сам был шумным, грубоватым, неспокойным — храпеть могли и в переносном смысле, как «издавать резкие звуки», «ворчать». Встречается и версия, что прозвище Храпон могло быть связано с диалектным глаголом «храпать» — «хватать, цапать», но она менее убедительна: в русских говорах «храп» почти везде про храпение, а не про хватание.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: основа на твёрдый согласный (-п, -н) даёт суффикс -ов, а не -ин. Если бы прозвище звучало как Храпня, Храпуня, то фамилия была бы Храпнин, Храпунин, но здесь именно Храпон — существительное мужского рода с окончанием на твёрдый согласный. Такой тип фамилий массово фиксируется в XVI–XVII веках у крестьян и посадских людей, а позже — у однодворцев южных губерний.

Стоит обратить внимание на редкое написание с буквой «а» в корне. Встречаются также фамилии Хропонов, Храпунков, Храпков — все они одного корня, но Храпонова стоит особняком из-за суффикса -он, который встречается реже, чем обычные -ун, -к или -ок. Это может говорить о том, что прозвище Храпон бытовало в узком ареале, возможно, в северных или центральных областях России, где сохранялись архаичные формы имён.

Географически фамилия Храпонов (и Храпонова) нечастая, преимущественно встречается в документах по Рязанской, Тамбовской и Владимирской губерниям, что косвенно подтверждает её крестьянское происхождение. В дворянских родословных книгах она не отмечена. Таким образом, предки носителей фамилии — скорее всего, крестьяне или ремесленники, получившие прозвище по заметной черте характера или внешности.