Фамилия Храпоненко — один из характерных примеров украинской фамильной модели на -енко. Этот суффикс, самый распространённый в Украине, означает «сын» или «потомок»: Храпоненко — буквально «сын Храпона». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые указывали на принадлежность отцу (обычно по документам), украинские фамилии на -енко долгое время оставались прозвищными, уличными, и закреплялись в крестьянской среде уже в XVII–XVIII веках.

Основа фамилии — личное прозвище Храпон. Его происхождение, скорее всего, связано с глаголом «храпеть». В старину храп не воспринимали как бытовой недостаток — прозвище Храпун, Храп или Храпон могли дать человеку с громким, сиплым голосом, тяжёлым дыханием или просто за привычку громко спать. В некоторых говорах «храп» означал также «наглец, задира», но это значение менее вероятно для прозвища, которое давали в семье или соседской общине.

Обратите внимание на редкий для украинских фамилий элемент -он- в основе. Обычно украинские прозвища образуются с суффиксами -ун (Храпун) или -ай (Храпай). Форма Храпон скорее напоминает русские или белорусские прозвищные модели (ср. фамилии Храпов, Храпков). Это может указывать на то, что предок носителя фамилии жил на стыке украинских и русских земель — в Слобожанщине, на Черниговщине или в северных районах Полтавщины, где диалектные и ономастические границы были размыты.

Фамилия Храпоненко не относится к числу частых. Она не попала в списки казацкой старшины или дворянства, а значит, её носители, скорее всего, были рядовыми крестьянами или мещанами. Встречается она и сейчас преимущественно на востоке Украины и в прилегающих областях России, что подтверждает гипотезу о пограничном ареале её возникновения. Другие версии — от имени Храп (сокращение от Храпимир?) или от слова «храп» в значении «лошадиная морда» (прозвище конюха или всадника) — выглядят натянутыми: в живой речи такое прозвище не зафиксировано.