Фамилия Храпугин образована от прозвища Храпуга, которое восходит к глаголу «храпеть». Скорее всего, Храпугой называли человека, любившего поспать, либо храпевшего во сне. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Храпуга, со временем получил фамилию Храпугин.