Фамилия Храпутин образована от прозвища или нецерковного имени Храпута, а то, в свою очередь, — от глагола «храпеть». В старину храп воспринимался не просто как бытовой недостаток, а как яркая индивидуальная черта. Прозвище Храпута могли дать человеку с громким, «богатырским» сном, который слышали соседи. В некоторых говорах слово «храпун» имело и переносное значение — заносчивый, надменный человек, который говорит свысока, «с храпом».

С точки зрения словообразования, это типичная «-ин» фамилия, указывающая на принадлежность: Храпута — сын Храпуты, то есть Храпутин. Модель простая и распространённая: от прозвища на -а, -я образовывали притяжательное прилагательное с суффиксом -ин. Такие фамилии чаще всего встречались в северных и центральных губерниях России, где была сильна традиция бытовых прозвищ.

В отличие от фамилий Храпов или Храпков, где основа могла быть связана с профессией (например, храп — часть конской упряжи), в основе Храпутина лежит именно звуковая характеристика человека. Это делает фамилию более «бытовой» и личной: она не отсылает к ремеслу или географическому названию, а прямо рисует портрет предка.

Стоит учесть, что фамилия редкая и не имеет устоявшегося дворянского происхождения. В архивных записях, например, по Воронежской и Тамбовской губерниям, Храпутины встречаются среди крестьян и однодворцев. Так что за фамилией стоит не титул, а живая, пусть и негероическая, деталь из жизни: человек, который спал так громко, что это запомнилось всей округе и перешло в фамильный знак.