Фамилия Храпунский — одна из тех, что ставит перед исследователем загадку: корень в ней на слуху, а вот точное значение ускользает. Самое прямое и очевидное объяснение — от глагола «храпеть». Но вряд ли предка назвали просто за то, что он шумно дышал во сне. В русских говорах слово «храпун» имело и другие, более конкретные значения: так могли называть бойкого, задиристого человека, а также лошадь с особой манерой дыхания на бегу. Прозвище Храпун могло закрепиться за обладателем громкого, властного голоса или за тем, кто постоянно ворчал и «храпел» от недовольства.

Ключевая особенность фамилии — суффикс -ск-. Он указывает на шляхетское или дворянское происхождение в Польше, на Украине и в западных областях России. Фамилии на -ский/-цкий первоначально были принадлежностью знати, указывая на владение землёй или родовое поместье. Однако с XVII–XVIII веков эта модель распространилась и на духовенство, а затем и на крестьян, особенно после реформ. Поэтому Храпунский мог быть как обедневшим шляхтичем, так и семинаристом, получившим звучную фамилию при поступлении в училище.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто означали «чей-то сын» или «чей-то работник», модель на -ский отвечала на вопрос «откуда?» или «какой?». Это даёт вторую, не менее правдоподобную версию: фамилия могла произойти от названия населённого пункта вроде Храпуны, Храпуново или Храпунь. Такие топонимы встречаются в Беларуси, на Смоленщине и в западных областях России. В этом случае основа «храп» могла быть связана не с храпом, а с диалектным словом, обозначающим неровную, бугристую местность или овраг (сравните с «храп» — утолщение, бугор).

Сравнение с однокоренными фамилиями — Храпов, Храпков, Храпунов — показывает, что Храпунский стоит несколько особняком. Первые три образованы по самой распространённой в России модели (от прозвища или имени), а суффикс -ск- у Храпунского выдаёт в носителе либо человека из более западных земель, либо потомка тех, кто получил фамилию в духовном сословии. В семинарской среде любили образовывать фамилии от ярких, запоминающихся основ, и «Храпун» — вполне подходящий кандидат: звучно, необычно, сразу рисует образ.

Точных сведений о древности фамилии и её конкретном географическом гнезде в открытых источниках мало. Ясно одно: перед нами не случайный набор звуков, а фамилия с несколькими слоями смысла — от бытового прозвища до указания на место жительства или сословную принадлежность.