Фамилию Хрепунова правильнее всего разбирать с конца: суффикс -ов- указывает на типичную русскую патронимическую модель. Перед нами женская форма фамилии, мужской вариант — Хрепунов. Основа — прозвище или нецерковное имя Хрепун.

Самая прямая и правдоподобная версия связывает основу с диалектным словом «хреп» или «хрип». В говорах русского севера и центра «хрепеть» означало хрипеть, сипеть, издавать хриплые звуки. Соответственно, Хрепуном могли прозвать человека с хриплым, сиплым голосом. Это прозвище давали по заметной физической примете — не по внешности, а по голосу. Такой способ образования фамилий от физических особенностей част и понятен: Хрипунов, Сипягин, Гугнивый — все из того же ряда.

Менее вероятна, но всё же обсуждаема связь с «хрептугом» — старинным словом, означавшим мешок, котомку, которую носили за спиной. В этом случае Хрепуном могли назвать нищего, странника или солдата с вещевым мешком. Однако эта версия слабее: «хрептуг» — слово редкое, книжное, а прозвища обычно возникали из живой разговорной речи, где «хреп» как хрип встречается чаще.

Обратите внимание на написание: фамилия пишется через «е», а не через «и» (Хрипунов — отдельная, хоть и однокоренная фамилия). Такое написание — «Хрепун» — характерно для акающих говоров, где после твёрдого согласного звук на месте «и» произносился как нечто среднее, а на письме закрепилась буква «е». Это указывает на южнорусские или среднерусские корни фамилии, возможно, из рязанских, тамбовских или воронежских земель.

Фамилия Хрепунова не относится к числу дворянских или княжеских. Её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по прозвищу предка. Встречается она нечасто, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носите эту фамилию, с большой вероятностью ваши предки жили компактно в одном из сёл Черноземья или Среднего Поволжья и вели род от человека с характерным хрипловатым голосом.