Фамилия Хубунаиа — яркий образец грузинской антропонимии, причём не самой распространённой модели. В отличие от фамилий на -дзе (сын) или -швили (ребёнок), окончание -иа (-иа) характерно для западной Грузии, особенно Мегрелии и Гурии. Такие фамилии часто указывают на принадлежность к роду или местности, а основа может восходить к личному имени, прозвищу или топониму.

Корень «Хубун-» с большой вероятностью связан с мегрельским словом «хубу» (хъубу) — «кабан». В грузинских языках прозвища, образованные от названий животных, были обычным делом: они могли указывать на внешность человека (крупный, коренастый, с грубоватыми чертами), его характер (упрямый, диковатый, сильный) или род занятий (охотник на кабанов). Суффикс -аиа (в мегрельском часто -аиа или -иа) выполняет роль родового патронимического показателя, примерно как русское -ов или -ин. То есть Хубунаиа буквально означает «принадлежащий Хубуне» или «из рода Хубуна», где Хубуна — это уменьшительно-ласкательная форма от прозвища Хубу (кабан).

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «хубу» — «сосуд, кувшин» или с арабским «хубуб» — «любовь, симпатия». Но для фамилии, крепко сидящей в грузинской ономастике, мегрельское объяснение гораздо логичнее: оно легко встраивается в местную словообразовательную модель и не требует натяжек.

Социально фамилия Хубунаиа не указывает на дворянское происхождение — такие окончания в Грузии носили в основном крестьяне и свободные общинники. Встречается она преимущественно в Мегрелии, а в России и других странах — у потомков грузинских эмигрантов. Известных носителей в открытых источниках немного, что делает фамилию редкой и локальной.