Фамилия Хубуная — редкий случай в русском ономастиконе. Её южное, кавказское происхождение сразу бросается в глаза: окончание -ая, нехарактерное для славянских фамилий, указывает на грузинские или мегрельские корни. В Грузии и Мегрелии такие фамилии на -ая (в русской передаче) или -ия образуются от личных имён, прозвищ или названий местности, и Хубуная — не исключение.

Основа фамилии — «хубу» — скорее всего, восходит к мегрельскому или грузинскому слову, связанному с понятием «счастье» или «доля». В мегрельском языке «хуба» (ხუბა) означает «судьба», «жребий», «участь». Соответственно, Хубуная — это «тот, кому выпал счастливый жребий» или «счастливчик». Корень встречается и в других грузинских фамилиях, например, Хубутия или Хубулури, что подтверждает его апеллятивную природу: прозвище, данное человеку по его удачливости или по обстоятельствам рождения.

С точки зрения словообразования, фамилия представляет собой основу «Хубу» и суффикс -ная (в грузинской передаче -ია, -иа), который указывает на принадлежность или происхождение. Это типичная модель для западно-грузинских регионов, особенно Мегрелии и Абхазии, где фамилии на -иа (в русском варианте -ия, -ая) массово фиксируются с XVII–XVIII веков. В России носители фамилии Хубуная — это, как правило, потомки переселенцев с Кавказа, часто абхазских или мегрельских дворян, которые в XIX веке служили в русской армии или переезжали в центральные губернии.

По сословной принадлежности предки могли быть как князьями (в Грузии фамилии на -ия нередко носили азнаури — дворяне), так и свободными крестьянами. Точных данных о массовом распространении фамилии в дореволюционных источниках нет: она локальна и нечастотна даже в Закавказье. В современной России фамилия Хубуная встречается в Краснодарском крае, Москве и Санкт-Петербурге — в местах, куда активно мигрировали кавказские народы в XX веке.

Таким образом, фамилия Хубуная — это не просто указание на географию, а память о прозвище, которое закрепилось за родом: «счастливый», «везучий». Её редкость и яркое окончание делают её легко узнаваемой, а корень связывает носителя с древними мегрельскими представлениями о судьбе.