Вероятно, фамилия Хубуа образована от имени Хубу, которое восходит к персидскому корню «хуб» - «красивый» или чеченскому существительному «хьув» - «каприз». Согласно другой версии, в основе этой фамилии лежит прозвище, образованное от топонима Куба (в лезгинском написании Хъуба). Так называется город в Азербайджане, расположенный на северо-восточных склонах горы Шахдаг, на высоте 600 м над уровнем моря, на правом берегу реки Кудиал-чай.