Фамилия Худабахшова — яркий пример фамилии, образованной от сложного иранского (таджикского или персидского) имени, что сразу указывает на её восточное, скорее всего, среднеазиатское происхождение. В русском бытовании такие фамилии чаще всего встречаются у таджиков, афганцев, а также у народов, исторически связанных с персидской культурой (например, у части узбеков и памирцев).

Основа фамилии — мужское имя Худабахш, которое состоит из двух корней: «худа» (бог, господь) и «бахш» (дар, даяние, часть). Таким образом, имя Худабахш буквально означает «дар Божий» или «Богом данный». Это типичная теофорная (содержащая имя Бога) модель имени, распространённая в исламском мире, где ребёнка нарекали в знак благодарности Всевышнему за долгожданное или вымоленное рождение.

Суффикс -ов- в фамилии Худабахшова — это русский патронимический формант, который присоединялся к основам при русификации фамилий народов Средней Азии и Кавказа. Женская форма Худабахшова означает, что носительница является дочерью, женой или потомком человека по имени Худабахш. Мужской вариант фамилии — Худабахшов.

Интересно, что в отличие от многих фамилий, где суффикс -ов указывает на принадлежность к русскому крестьянскому сословию, здесь он выступает как административный маркер: в XIX–XX веках при записи в метрические книги или паспорта советского образца восточные имена часто получали русское окончание. Поэтому предок носительницы фамилии мог быть как ремесленником в Бухаре, так и дехканином в кишлаке — сословная принадлежность здесь не заложена в основе, в отличие, скажем, от фамилий на -ский.

Фамилия довольно редкая за пределами Средней Азии, но её можно встретить в Таджикистане, Узбекистане, а также среди диаспор в России. Однокоренные фамилии — Худайбердыев (бог дал), Худайкулов (раб божий), Худайназаров (божий обет) — построены по той же модели с первым компонентом «худа/худай».