Основой фамилии Худченко послужило мирское имя Худик. Мирское имя Худик восходит к прилагательному «худой», которое означает «тот, кто худ телом, поджарый, хилый, болезненный на вид, опалый». Имя Худик относится к охранительным именованиям. Возможно, фамилия Худченко образована от прозвища Худик, которое имеет тоже происхождение, что и мирское имя. Вероятно, именование Худик указывает на особенности внешности его обладателя. Так могли прозвать человека, имевшего худощавое и хрупкое телосложение. Не исключено, что прозвище Худик могло указывать на социальный статус его обладателя. Таким образом, именование Худченко получил «маленький Худик», то есть сын Худика.