Фамилия Худеков — один из тех случаев, где корень говорит сам за себя, но не всё так прямолинейно. В её основе лежит прилагательное «худой» — в древнерусском языке это слово означало не только «тощий», но и «плохой», «незнатный», «бедный», а также «слабый» и «неказистый». Однако прозвище Худой (или Худок) давали не обязательно за внешность. Чаще так называли человека невысокого социального положения, неудачливого или просто небогатого. В старину прозвища с корнем «худ-» были распространены: Худяк, Худыня, Худень — все они могли стать основой для фамилии.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Худеков — буквально «сын Худека». Форма «Худек» — это уменьшительное или уничижительное производное от «худой», как «малек» от «малый». То есть фамилия пошла не напрямую от прозвища Худой, а от его производной формы, что типично для крестьянской и мещанской среды XVI–XVII веков.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «худой» могло означать «дырявый», «ветхий» — применительно к одежде или жилью. Возможно, предок Худековых был бедняком, жившим в плохой избе, или же получил прозвище за небрежный вид. Но есть и более редкая версия: в южнорусских диалектах «худок» иногда называли человека с плохим характером, сварливого. Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) подтверждают, что фамилии на «худ-» в основном фиксируются в центральных и южных губерниях России, где такие прозвища были бытовыми и не считались оскорбительными.

Фамилия недворянская, не встречается в старых боярских списках. Её носители — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию при переписях XVIII–XIX веков. Позже, в XIX столетии, фамилия Худеков стала известна благодаря литератору и драматургу Сергею Николаевичу Худекову, но это уже частный случай, не меняющий общего происхождения.