Фамилия Худиков ведет начало от личного прозвища Худик, которое в старину играло роль оберега. Это древняя славянская традиция: родители нарочно давали ребенку имя с «отрицательным» значением — Худой, Худак, Худик, — чтобы обмануть злые силы. Считалось, что духи не позарятся на дитя с таким неказистым именем, а потому не заберут его, не нашлют болезнь. На деле же родители надеялись вырастить красивого, здорового и счастливого сына, и прозвище Худик становилось своего рода щитом от сглаза.

Суффикс -ик в прозвище придает ему уменьшительно-ласкательный оттенок. Так нарекли не просто «худого», то есть тощего или слабого человека, а скорее младшего, любимого, своего — того, кого не хочется называть грубо. Прозвище закреплялось за человеком как основное бытовое именование, а затем, по обычной русской модели, перешло в фамилию: Худиков — буквально «сын Худика», «из рода Худика». Патронимический суффикс -ов здесь указывает на принадлежность к отцу, что типично для большинства русских фамилий, сложившихся в XV–XVII веках.

Стоит заметить, что прозвища-обереги встречались по всей Руси, но особенно часто — в северных и центральных губерниях, где сильны были пережитки языческих верований даже после крещения. В писцовых книгах и переписных листах XVII века такие имена фиксировали как вполне обычные: Худяк, Худой, Худыш. Фамилия Худиков, таким образом, не имеет отношения к реальной худобе предка — это след старой магической практики, когда имя нарочно делали «некрасивым», чтобы жизнь у человека сложилась красиво.

В отличие от более распространенных Худяковых или Худяевых, форма Худиков встречается реже и звучит архаичнее. Возможно, она закрепилась в конкретной местности и не получила широкого распространения за ее пределами. Точной географической привязки фамилии в открытых источниках нет, но по модели образования и по корню она однозначно русская, крестьянская или посадская по происхождению: такие фамилии обычно не принадлежали дворянству, а возникали в среде простого люда.