Фамилия Худинець звучит не по-русски, и это первый ключ к её происхождению. Суффикс -ець (-ец) с мягким знаком на конце — яркая примета западнославянского, в первую очередь украинского и белорусского, ареала. В русском языке эта модель встречается реже, а окончание -ць типично для украинской ономастики. Так что перед нами, скорее всего, украинская фамилия, образованная по продуктивной для тех земель модели.

Основа — Худин. В ней легко угадывается корень «худ-», который в древнерусском языке имел не только значение «тощий, не толстый», но и «плохой, слабый, некачественный», а также «бедный». Прозвище Худа, Худой или Худень (человек с уменьшительно-ласкательным суффиксом) мог получить человек невысокого роста, худощавый, либо, что не менее вероятно, бедный крестьянин или ремесленник. В старину «худым» называли не только тело, но и достаток.

Суффикс -ець (-ец) в фамилиях часто выполнял две функции. Во-первых, он мог обозначать принадлежность по отцу: Худинець — буквально «сын Худины». Во-вторых, он мог указывать на географическое происхождение: выходец из села или местности с названием вроде Худино, Худинка. Такие топонимы встречаются на Украине и в западных областях России, хотя и не являются широко распространёнными.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Худинець стоит в одном ряду с русскими Худиным и Худяковым, а также с украинскими Худенком и Худяком. Однако суффикс -ець делает её более редкой и территориально привязанной. Встретить носителя этой фамилии скорее всего можно в западных и центральных областях Украины, реже — в Беларуси и на юго-западе России, куда фамилия могла попасть с переселенцами.

Таким образом, предок современного Худинця, вероятно, был человеком небогатым или невысоким, за которым закрепилось прозвище Худина, а его дети и внуки стали носить отчество-фамилию с характерным западнославянским окончанием.