Фамилия Худинян — армянская по происхождению, и её разбор стоит начинать не с корня, а с патронимического суффикса -ян, который в русской передаче часто выглядит как -ян или -янц. В армянском языке этот суффикс указывает на принадлежность к роду: Худинян буквально означает «из рода Худина» или «потомок Худина». Основа фамилии — личное имя или прозвище Худин, которое, скорее всего, восходит к армянскому слову «худ» (худой, тонкий) или к диалектному варианту, связанному с качеством человека — худощавый, сухощавый. В армянской ономастике такие прозвища давали по внешности, и они становились родовыми именами.

Иногда встречается версия, что Худин может быть производным от арабского или персидского «худа» (бог, господин) с уменьшительным суффиксом -ин, но это менее вероятно: для армянских фамилий типичнее бытовые, описательные корни, а не теологические. Если опираться на словарь армянских фамилий (например, работы Г. Ачаряна), то большинство фамилий на -ян образованы от мирских прозвищ, а не от титулов. Таким образом, предок носителя фамилии Худинян, вероятно, получил прозвище за худощавое телосложение, и это закрепилось за его потомками.

Географически фамилия Худинян распространена в основном среди армянских общин — как в самой Армении, так и в диаспоре (Россия, Грузия, страны Ближнего Востока). В России она встречается редко, и её носители, как правило, имеют армянские корни. Важно отметить, что в русском языке фамилия пишется с двумя «н» на конце (Худинян), хотя в армянском оригинале может быть одна «н» — это особенность передачи через русскую орфографию, где суффикс -ян часто удваивается по аналогии с русскими фамилиями на -ин.

Социальный контекст фамилии типичен для армянских родовых имён: она не указывает на дворянское или крестьянское происхождение напрямую — в Армении фамилии на -ян носили все сословия, включая духовенство и ремесленников. Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Худоян, Худян — встречаются чаще, а Худинян более редкая, что может говорить о локальном происхождении из конкретного села или рода.