Фамилия Худницкая звучит так, будто за ней стоит географическое название: типичный суффикс -ск- указывает на связь с местом. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Худницкий, но в женском роде (по мужу или по отцу). Основа — «худн-» — ведет к прилагательному «худой» в значении «тощий, небогатый, плохой». Значит, исходное прозвище или топоним могли быть связаны с чем-то «худым»: бедной землей, неурожайным полем или даже невысоким, худощавым человеком.

В польской и западнорусской ономастике есть фамилии Худницкий, Худницкая, а также более известные Худяков, Худенко. Но суффикс -ницк- встречается реже, чем -овск- или -инск-. Он мог возникнуть от названия села или деревни вроде Худницы, Худное. Такие топонимы известны в Беларуси и на западе России — например, деревня Худное в Витебской области. Если предки жили в таком месте, фамилия означала «прибывший из Худниц» или «владелец хутора Худницы».

Версия с прямым прозвищем тоже возможна, но менее вероятна: прозвища на -а/-я (Худница) давали женщинам, а мужская фамилия от них образовывалась бы как Худницын, а не Худницкий. Поэтому географическое происхождение — основное.

Встречаемость фамилии невысокая, в основном в западных регионах бывшей Речи Посполитой и на Украине. В России носительницы Худницкой чаще всего живут на юге и в центральных областях — следствие переселений XIX–XX веков. Ударение, судя по типу, падает на второй слог: Худницкая.