Фамилия Худьо — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти без изменений, без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Она застыла в форме, характерной для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, где ударное окончание -о часто указывает на прозвищное происхождение: Худьо — это тот, кого так прозвали, без добавления «чей сын».

В основе лежит прилагательное «худой» в старом значении — не только «тощий», но и «плохой», «негодный», «слабый». В древнерусском языке «худой» означало бедный, скудный, ничтожный. Прозвище Худьо мог получить человек с хилым телосложением, либо тот, кого считали неудачливым или небогатым. В южнорусских говорах слово «худь» фиксируется и как существительное со значением «худоба, бедность», что усиливает связь фамилии с социальным положением предка.

Фамилия практически не встречается в центральных и северных областях России, но имеет корни на западе и юге — в Смоленской, Брянской областях, на Черниговщине и в других регионах, где было сильно украинско-белорусское влияние. Там же бытуют однокоренные фамилии Худяк, Худенко, Худько, но форма Худьо стоит особняком — она короче и архаичнее, без дополнительных суффиксов.

Словообразовательная модель проста: основа «худ-» плюс суффикс -j- (на письме обозначается как -ьо), который в славянских языках образовывал имена и прозвища со значением носителя признака. Такой же суффикс мы видим в фамилиях типа Дурьо, Гнильо, Кривьо — все они несут оттенок резкой, часто нелестной характеристики. В отличие от фамилий на -ов, которые могли возникнуть в среде крепостных крестьян как «сын такого-то», Худьо — прямое прозвище, которое закрепилось за человеком и перешло потомкам без изменений.

Споров о происхождении немного: иных корней, кроме как от «худой», у этой фамилии нет. Версия о связи с диалектным «худь» в значении «мелкий дождик» маловероятна — слишком узкое и редкое значение, а прозвища обычно брали от более заметных черт внешности или характера. Таким образом, предки носителей фамилии Худьо — люди, получившие меткое уличное прозвище, скорее всего, на западе или юге восточнославянских земель, и сохранившие его в неизменной форме на протяжении нескольких столетий.