Фамилия Худобкина — женская форма фамилии Худобкин. В русской традиции фамилии на -ин, как правило, образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я. Здесь основа — Худобка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Худобкин», то есть сын или потомок Худобки.

Ключ к происхождению — слово «худоба». В древнерусском языке оно имело два основных значения. Первое — «худой, тощий, невзрачный человек». Второе, менее очевидное, — «бедность, скудость». Прозвище Худобка могли дать либо очень худому, либо небогатому человеку. В говорах встречалось и слово «худобка» в значении «мелкий скот» или «имущество», но это значение для прозвища маловероятно: оно слишком конкретно и бытово.

Модель образования проста: от прозвища Худобка через притяжательное прилагательное. Такие фамилии — одни из самых древних в русском ономастиконе, они фиксируются в документах уже в XV–XVI веках. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от полных крестильных имён, прозвищные фамилии на -ин (Худобкин, Голодкин, Беднягин) несли прямую характеристику человека.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели разбираются в разделе прозвищ от физических недостатков и свойств характера. Худобка могло быть не только прозвищем, но и мирским именем-оберегом: родители нарекали ребёнка Худобкой, чтобы злые силы не позарились на «худого», а настоящий, здоровый и богатый ребёнок остался незамеченным. Такая практика была распространена в крестьянской среде.

Географически фамилия Худобкин (и Худобкина) встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской областях. В этих местах слово «худоба» в значении «бедность» было особенно употребительно. Сословно носители фамилии — почти поголовно крестьяне и однодворцы. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

В современном написании фамилия устойчива: ударение падает на второй слог — Худо́бкина. Вариант с ударением на первый слог (Ху́добкина) встречается реже и, возможно, является результатом диалектного произношения или ошибки переписчиков.