Фамилия Худобко образована от прозвища Худоба, в основе которого, скорее всего, лежит аналогичное существительное со значением «стройность, худощавость». Не исключено также, что прозвище Худоба ведет свое начало от прилагательного «худобый», то есть «болезненный». В таком случае это прозвище, возможно, являлось внутрисемейным и использовалось в качестве оберега. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Худобой. Следует отметить, что суффикс -ко, с помощью которого образована фамилия Худобко указывает на белорусское или украинское происхождение. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Худоба, со временем получил фамилию Худобко.