Фамилия Худошина — это женская форма фамилии Худошин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или некалендарного имени Худоша. На слух связь с прилагательным «худой» очевидна, но у этого прозвища было несколько разных смысловых оттенков, и не все они касались внешности.

Прямое значение — «худощавый, поджарый, бледный, хилый на вид». Но, как показывает ономастика, гораздо чаще Худошей называли не истощённого человека, а бедняка — того, у кого «худо» с достатком, кто жил скудно. В крестьянской среде, где фамилии массово закреплялись в XVI–XVII веках, имущественный признак был одним из самых заметных и цепких для прозвища.

Есть и третья версия, более тонкая. Худоша могло быть так называемым охранительным именем. Родители нарекали ребёнка именем со значением, противоположным желаемому, — чтобы отвести от него зло и «не искушать судьбу». Считалось, что злые духи не позарятся на того, кого уже назвали «худым» или «плохим», а дитя, вопреки имени, вырастет крепким и богатым. Такая практика была широко распространена у восточных славян, и версия с охранительным именем для Худоши не менее правдоподобна, чем версия с прозвищем взрослого человека.

Сама модель образования проста и типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность. Худошина буквально значит «дочь или жена Худоши». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён на твёрдый согласный, форма на -ин здесь закономерна, потому что основа Худош- оканчивается на шипящий.

Встречается фамилия в основном в Поволжье и вятских землях, где подобные прозвищные фамилии сохранялись дольше всего. Однокоренные аналоги — Худяков, Худоногов, Худобин — фиксируются в тех же регионах, что подтверждает: корень был живым и продуктивным в народной речи.

Стоит добавить, что в старых документах фамилию могли писать через «о» — Худошина, а в разговорной речи иногда путали с Худяшиной, но это уже другая, хотя и родственная по смыслу, фамилия от имени Худяша.