Фамилия Худоянц — редкий для русского слуха пример армянской фамилии с суффиксом -янц, где конечное -ц указывает на родительный падеж множественного числа. Если более привычный суффикс -ян означает «из рода такого-то» (например, Авакян — из рода Авака), то форма на -янц буквально переводится как «из дома», «из семьи»: Худоянц — «из семьи Худоянов». Такие фамилии чаще встречались у армян, живших в диаспоре или в регионах, где была сильна русская канцелярская традиция (Нахичевань-на-Дону, Астрахань, юг России). В самой Армении форма на -янц почти вытеснена более краткой -ян.

Основа фамилии — личное имя или прозвище Худой. В армянском языке слово «худой» не имеет значения «тощий» (как в русском), а восходит к персидскому «Хода» / «Худо» — «Бог». Имя Худо (варианты: Худоян, Худоянц) — это теофорное имя, то есть данное в честь Бога, аналог русских Богдан или Феодор. Встречается оно и у мусульманских народов Кавказа и Ближнего Востока, но у армян-христиан оно бытовало как разговорное, часто в форме Худоян — «Божий», «божественный».

Есть и другая, менее вероятная, версия: что в основе лежит тюркское слово «худай» (Бог) с тем же значением, но в армянской среде оно прошло через ту же модель образования фамилии. Спор между этими версиями невелик: и персидский, и тюркский корни в конечном счёте ведут к одному смыслу — «божественный» или «относящийся к Богу».

Географически фамилия Худоянц тяготеет к армянским общинам Дона и Кубани, а также к Нагорному Карабаху и Зангезуру, где суффикс -янц был особенно распространён. В советское время при паспортизации многие носители сменили окончание на -ян, поэтому сегодня фамилия Худоянц встречается реже, чем Худоян, но сохранилась в семьях, дорожащих старой формой.