Фамилия Хуган — редкий для России случай, когда корень явно не славянский, а суффикс — не русский. В русской ономастике фамилии на -ан (Хуган, Буган, Шуган) встречаются, но их происхождение почти всегда спорное. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а результат адаптации иноязычного прозвища или имени.

Самая вероятная версия — фамилия восходит к ирландской или шотландской фамилии Hogan (О’Хоган, Хоган). В русской записи звук «о» мог перейти в «у» под влиянием аканья или просто при передаче на слух (как Хуган вместо Хоган). В Ирландии Hogan означает «потомок Огана» (ирл. Ó hÓgáin — от óg, «молодой»). Если предок был выходцем с Британских островов, попавшим в Россию (например, через службу или плен), фамилию могли переделать под местное произношение.

Вторая, менее правдоподобная версия, но возможная для южных регионов — связь с тюркскими корнями. В тюркских языках есть слово «ху» (лебедь) или «хуган» как вариант имени Хуган (сравните с татарским Хуҗа — хозяин). Однако суффикс -ан в тюркских фамилиях обычно указывает на принадлежность, и здесь он нехарактерен. Эта версия слабее, так как не объясняет, почему фамилия почти не встречается в Поволжье и на Северном Кавказе.

С точки зрения словообразования, Хуган — это основа без типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский). Это говорит о том, что фамилия не образована от отчества или прозвища по русской модели, а пришла в готовом виде. В России такие фамилии часто получали иностранцы, которых записывали по звучанию их родового имени.

География фамилии Хуган невелика: единичные случаи в центральной России и на Украине. Нет ни одного региона, где она была бы массовой. Это подтверждает версию о единичном переселении или о том, что фамилия — результат случайной записи чужого имени.

Если ваш предок — Хуган, скорее всего, он был либо выходцем из Ирландии или Шотландии (через Польшу или Прибалтику), либо его фамилию исказили при переписи из более распространённой (например, из Хуганов — от прозвища Хуган, но это уже кружное объяснение). Точнее сказать сложно: фамилия настолько редкая, что в открытых источниках нет ни одного известного носителя, ни исторических упоминаний.