Фамилия Хуилкин — редкий пример, где основа и суффикс вступают в прямое противоречие с современным языковым чутьём. На слух она кажется производной от нецензурного корня, но это чисто фонетическое совпадение, которое не имеет отношения к реальной этимологии.

Суффикс -кин указывает на принадлежность по отцу или мужу: чей? — Хуилкин. Такая модель характерна для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён на -а/-я (ср. Фомин от Фома, Ильин от Илья). Значит, в основе лежало личное имя или прозвище Хуила (или Хуилка). В ономастике известны случаи, когда звук «ф» в диалектах заменялся на «хв» или «х», а «х» — на «ф». Не исключено, что исходная форма — Фуилка или Фуила, от греческого имени Феофил (Боголюб), которое в народном произношении давало варианты вроде Хуил, Хуйло.

Другая, более прозаичная версия — связь с диалектным словом «хуйка» (или «хуила»), означавшим в некоторых южнорусских говорах не брань, а нечто маленькое, торчащее или неказистое — например, шишку, нарост или короткий предмет. Прозвище могли дать человеку с заметной внешней особенностью. В словаре В. И. Даля зафиксированы слова «хуй» и «хуек» в значении «шиш, кукиш», что подтверждает возможность безобидного бытового прозвища.

Географически фамилия Хуилкин встречается крайне редко. Единичные носители зафиксированы в центральных областях России и на Урале. В дореволюционных метрических книгах она почти не попадается, что говорит о её позднем закреплении или локальном характере.

Таким образом, перед нами фамилия-загадка: её современное звучание обманчиво, а истинный корень, скорее всего, лежит в области народной переделки церковного имени или в забытом диалектном слове, не имеющем ничего общего с матом.