Фамилия Хулукшинова — редкий случай, когда географическая привязка и этнический фон важнее разбора по составу. Основа фамилии — «хулукши» — не имеет славянских корней и не переводится через русские диалектные слова. Скорее всего, фамилия происходит из тюркских или монгольских языков, где «хулук» (или «хулуг») может означать «раб» или «слуга», а суффикс «-ши» указывает на профессию или род деятельности. Тогда «хулукши» — это «тот, кто служит», «слуга», а фамилия образована по русской модели с суффиксом «-ов» (женский вариант «-ова»), то есть «принадлежащий Хулукши».

Географически фамилия почти наверняка встречается в Калмыкии, Бурятии или среди астраханских татар — регионах, где исторически смешивались тюркские и монгольские языки. В русских переписях такая фамилия не фиксируется до XIX века, что говорит о её позднем оформлении: предки Хулукшиновых, вероятно, были из кочевых или полукочевых народов, и фамилию им дали при переходе на оседлость и вхождении в сословную структуру Российской империи.

Возможна и вторая версия: «хулук» может восходить к калмыцкому «хулх» — «вор», «похититель». В таком случае прозвище «Хулукши» дали человеку с не самой лестной репутацией, а фамилия закрепилась за его потомками. Оба варианта спорны, но первый — через «слугу» — выглядит правдоподобнее, так как прозвища по роду занятий в тюркской среде встречались чаще, чем отвлечённые характеристики.

Суффикс «-ин» в окончании фамилии (Хулукшин, а не Хулукшов) не случаен. В русской ономастике «-ин» обычно присоединяется к основам на «-а» или «-я». Если исходное имя или прозвище звучало как «Хулукша», то фамилия естественным образом превратилась в Хулукшинов. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Хулу́кшинова, что подтверждает тюркскую огласовку.

Известных носителей фамилии в открытых источниках нет, что только подтверждает её малочисленность и локальный характер. Фамилия не попала в массовые справочники русских фамилий (вроде словаря Унбегауна), так как её основа осталась за пределами славянского словообразования.