Фамилия Хунова — женская форма, а её основа, мужская фамилия Хунов, строится по простой и прозрачной модели: корень «хун-» плюс типичный русский суффикс принадлежности «-ов». Вопрос в том, что скрывается за этим корнем. Самое вероятное объяснение лежит в сфере личных имён или прозвищ.

В русском языке слово «хун» не имеет самостоятельного хождения, зато хорошо известно в тюркских языках. «Хун» — это древнее название гуннов, кочевого народа, который в эпоху Великого переселения народов доходил до Европы. В татарском, башкирском и других тюркских языках «хун» (или «кун») означает «солнце», «день». Но для русской фамилии более вероятна другая версия: основа восходит к прозвищу Хун, которое давали человеку смуглому, черноволосому или вспыльчивому — по ассоциации с образом гунна, «дикаря» или «воина». В народной речи слово могло звучать уничижительно, как «хун» — нечто чужое, не своё.

Второй путь — антропонимический. В крестьянской среде XIX века нередко записывали фамилии по имени отца или деда. Если отца звали Хун (редкое календарное или мирское имя), то дети становились Хуновыми. В святцах такого имени нет, но в качестве прозвищного имени оно вполне могло существовать, особенно в регионах с татарским или башкирским влиянием — например, в Поволжье, на Урале или в Оренбуржье. Там же встречаются однокоренные фамилии Хунов, Хунин, Хунских.

География фамилии Хунова сегодня размыта, но небольшие гнёзда носителей фиксируются в Татарстане, Башкортостане, а также среди казаков Южного Урала. Это косвенно подтверждает тюркский след в основе. В отличие от фамилий на «-ин», которые чаще образуются от имён на -а/-я, «-ов» указывает на основу, заканчивающуюся на согласный, — то есть на прозвище или имя Хун, а не на женское имя Хуня.

Спорных версий здесь немного: кто-то пытается связать фамилию с китайским «хун» (красный, алый), но для русского ономастикона это экзотика без исторической подложки. Поэтому основная, рабочая гипотеза — прозвище, данное по внешности или характеру, с возможным тюркским происхождением корня.