Фамилия Хунина — женская форма фамилии Хунин, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. Сама по себе фамилия Хунин встречается нечасто, и её разбор требует внимания к деталям словообразования.

В основе фамилии лежит суффикс -ин, который в русской традиции указывает на принадлежность: «чей?» — Хунин, то есть «сын Хуни» или «человек из семьи Хуни». Это типичная модель для фамилий, образованных от прозвищ или неканонических имён. Исходное слово «Хуня» — это прозвище. В русских говорах «хуня» имело несколько значений, и все они связаны с бытовой или пренебрежительной оценкой. В одних диалектах так называли нерасторопного, вялого или неряшливого человека. В других — слово «хуня» означало «плохой, дурной» или даже «нечистый» (от общеславянского корня *xudъ — «худой, плохой»). Возможно, прозвище давали человеку с невысоким ростом или слабым телосложением, но чаще — с неприятным характером.

Интересно, что фамилия Хунин могла возникнуть и от старого русского нецерковного имени Хуня. Такие имена-прозвища (Дур, Гнида, Некрас) были распространены на Руси до XVII века и давались детям как обереги: считалось, что «плохое» имя отведёт злых духов. В этом случае фамилия Хунина — не про негативную характеристику предка, а про древнюю традицию имянаречения.

Географически фамилия Хунин (и, соответственно, Хунина) тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодской, Архангельской, Костромской, а также к Поволжью. В этих регионах слово «хуня» в значении «плохой, негодный» фиксируется в диалектных словарях. Встречается она и у казачества, но реже.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Худяков, Худов, Худин) подтверждает, что корень связан с понятием «худой» — как в смысле «тощий», так и «плохой». Фамилия Хунина — редкий, но яркий пример того, как бытовое прозвище, возможно нелестное, закрепилось в родовом имени.