Фамилия Хухунина — женская форма от Хухунин, и её разбор стоит начать с редкого и даже неожиданного корня. Основа «хухун» в русских говорах имеет несколько значений, и все они бытовые, часто с ироничным или пренебрежительным оттенком. В словарях диалектной лексики «хухун» — это нечто вялое, хрупкое, ненадёжное: так могли назвать хилого, болезненного человека или, напротив, ленивого и бестолкового. В некоторых областях слово означало «пустой орех» или «негодную вещь», что тоже переходило в прозвище неудачника или нерадивого работника.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Хухуна» или «внук Хухуна». То есть фамилия пошла от личного прозвища Хухун, которое закрепилось за конкретным человеком в XV–XVII веках. Спорных версий немного: иногда корень связывают с тюркским «хух» (сухой, пустой), но это натяжка, поскольку прозвище хорошо объясняется и из русского диалектного материала.

Географически фамилия редкая и тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодчине, Костромской, Нижегородской губерниям, где диалектные слова с корнем «хух-» фиксировались этнографами. Встречаемость крайне низкая: Хухунины не были распространённым родом, что говорит о локальном происхождении — возможно, от прозвища одного крестьянина или ремесленника в отдельной деревне.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Хухлин, Хухлов, Хухорев) показывает, что все они образованы от экспрессивных прозвищ, часто с негативной окраской. В крестьянской среде такие фамилии давали без злого умысла — просто по внешнему признаку или особенности характера. Социальный контекст: Хухунины, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, не дворянами, поскольку фамилия не попала в родословные книги. Тем не менее, за ней стоит живая история диалектного слова, которое сегодня почти исчезло из речи.