Фамилия Хухуина — женская форма от Хухуин, и её разбор стоит начать с суффикса. Окончание -ин указывает на притяжательную модель: в основе лежит личное прозвище или имя Хухуя, Хухуй, от которого образовали фамилию со значением «сын Хухуи» или «принадлежащий Хухуе». Суффикс -ин в русских фамилиях типичен для основ на -а/-я, так что здесь всё стройно.

Основа вызывает вопросы: что такое «Хухуй» или «Хухуя»? Это редкое прозвище, и его происхождение неочевидно. Наиболее правдоподобная версия — связь с диалектным глаголом «хухрить» (или «хухрять»), который в некоторых говорах означал «ворчать, брюзжать, капризничать». Прозвище Хухуя могли дать человеку с ворчливым или привередливым характером. Звукоподражательный элемент «ху-ху» усиливает эту гипотезу: прозвище могло имитировать недовольное бормотание.

Менее вероятна, но допустима версия о происхождении от древнерусского имени Хухорь или Хухоря — такое имя встречается в писцовых книгах XVI–XVII веков, но оно тоже редкое и, скорее всего, восходит к той же звукоподражательной основе. В словарях В. Даля и М. Фасмера прямых указаний на слово «хухуй» нет, что подтверждает его узкую диалектную природу.

Географически фамилия Хухуин (и её женская форма) тяготеет к северным и центральным регионам России — в переписях XIX века носители встречались в Вологодской, Костромской и Вятской губерниях. Это совпадает с ареалом диалекта, где слово «хухрить» было в ходу. Предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а прозвище закрепилось за одним из них из-за особенности характера.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Хухрин, Хухров, Хухряков — у Хухуина своя специфика: двойное «ху» в основе делает её более редкой и выразительной. Встречается она крайне редко, что объясняется нестандартностью прозвища, которое не стало массовым.