Фамилия Хуссаин — редкий для России случай, когда исходное арабское имя перешло в фамилию почти без изменений, без привычных русских суффиксов -ов или -ин. Это так называемая «чистая» фамилия, то есть фамилия, которая совпадает с личным именем. Основа здесь — Хуссаин, арабское имя, которое восходит к корню «хасан» — «хороший, красивый». В исламской традиции Хусейн (Хуссаин) — внук пророка Мухаммеда, сын Али и Фатимы, почитаемый мученик. Поэтому имя широко распространено у мусульманских народов.

Как фамилия Хуссаин встречается в основном у татар, башкир и народов Кавказа, хотя могла закрепиться и у выходцев из Средней Азии. Механизм прост: в XIX — начале XX века при переписях и паспортизации многих мусульман записывали просто по имени отца или по собственному имени, не добавляя суффикса. Так Хуссаин из имени превратился в наследственную фамилию. В русском языке её могли записать и как Хусаин, и как Хуссейн — варианты написания зависели от местного произношения и грамотности писаря.

В отличие от фамилий вроде Хусаинов, где суффикс -ов указывает на принадлежность («сын Хусаина»), фамилия Хуссаин — более архаичная форма, которая сохранила имя в его исходном виде. Носители такой фамилии, скорее всего, происходят из семей, где имя предка было настолько значимым, что его не стали переделывать на русский лад. Географически такие фамилии чаще встречаются в татарских и башкирских селах, чем в городах, где унификация была жестче.

С точки зрения словообразования, это не типичная русская модель, а прямое заимствование. Иногда фамилию путают с арабским именем, но для носителя она уже давно стала родовым знаком, а не личным именем. Споров о происхождении здесь немного: корень прозрачен, и все версии сходятся на арабском имени Хусейн.