Фамилия Хусаинов происходит от арабского имени Хусаин (в привычной передаче также Хусейн), которое в переводе означает «хороший», «красивый», «добрый». Для мусульман это имя имеет особый смысл: его носил внук пророка Мухаммада, сын Али и Фатимы, почитаемый как мученик и один из ключевых персонажей ранней истории ислама. Поэтому корни фамилии уходят в пласт имён, связанных с происхождением и становлением мусульманства, а не с каким-либо ремеслом или прозвищем.

В русскую среду фамилия попала через тюркские народы — выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев. Активное проникновение таких имён в состав русских фамилий пришлось на XV–XVII века, когда многие нерусские по происхождению люди вливались в состав российского дворянства и принимали православие. Смена веры часто сопровождалась сменой имени, но память о родоначальнике сохранялась в фамилии: Хусаинов буквально означает «сын Хусаина», «потомок Хусаина». Именно этот восточный корень в основе фамилии служит главным подтверждением её происхождения.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к восточному имени Хусаин добавили русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность к отцу. Такая схема типична для подавляющего большинства русских фамилий, но в сочетании с арабской основой она даёт яркий пример культурного и языкового смешения. Однокоренные фамилии — Хусаинов, Хусейнов, Хусаиновский — различаются лишь способом адаптации исходного имени, но восходят к одному источнику.

Стоит оговориться: утверждение, что родоначальник Хусаиновых был именно знатным выходцем из Орды, для большинства семей с этой фамилией остаётся гипотезой, а не доказанным фактом. Фамилия встречается и в среде крещёных татар, и у народов Поволжья, и в среде мусульманского духовенства. Поэтому точную сословную принадлежность предков можно установить только по конкретным родословным, а не по самой фамилии. Тем не менее, сам факт бытования этого имени в русской антропонимии — зримый памятник восточной письменности и культуры, вплетённый в историю российского многонационального общества.