Фамилия Хутоба — редкий случай, когда основа не даёт однозначной славянской этимологии. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает: перед нами не типичная русская фамилия, образованная от имени или прозвища по модели «чей сын». Скорее всего, это фамилия неславянского происхождения, которая попала в русский обиход через соседние народы или через миграцию.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с адыгским (черкесским) или абхазским корнем. В адыгских языках «хут» или «хутэ» может означать «князь» или «владыка» (ср. с адыгским «пщы» — князь, но в некоторых диалектах — «хут»). Окончание -ба характерно для абхазских и абазинских фамилий и означает «сын» или «потомок» (как -ипа в мегрельском). То есть Хутоба могло значить «сын князя» или «потомок владыки». Такая модель распространена на Кавказе: соединяют титул или имя с патронимическим суффиксом.

Вторая, менее правдоподобная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках есть слово «хут» (счастье, удача, благодать), а -оба — распространённый суффикс в кумыкских и ногайских фамилиях (сравни: Адильоба, Бекоба). Тогда Хутоба могла бы означать «счастливый» или «благодатный». Но против этой версии говорит то, что в тюркских языках чаще встречается форма «Хутов» или «Хутоглу», а не «Хутоба».

Географически фамилия Хутоба встречается в основном на Северном Кавказе, особенно в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. В центральной России она почти не зафиксирована. Это дополнительно подтверждает кавказскую версию происхождения.

Поскольку фамилия не прошла через русскую суффиксальную обработку, она сохранила свою исходную форму. Её носители, скорее всего, потомки адыгских или абазинских дворянских родов. В русских метрических книгах XIX века такую фамилию могли записывать на слух, поэтому возможны варианты написания: Хутоба, Хутопба, Гутоба. Но документально подтверждённых разночтений мало — фамилия слишком редкая, чтобы иметь устойчивые варианты в официальных реестрах.