Фамилия Кидер — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, -ин или -ский, окончание -ер выдаёт в ней либо иноязычную основу, либо искусственное позднее образование. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из немецкого или еврейского (ашкеназского) культурного ареала.

Если исходить из немецкого корня, то основа «Kider» может восходить к средневерхненемецкому «küder» — так называли приманку для рыбы или мелкую наживку. В таком случае прозвище Küder мог получить рыбак, торговец снастями или просто человек, которого за глаза сравнивали с чем-то мелким и цепким. Вторая версия связывает фамилию с топонимом: в Германии есть несколько небольших поселений с названием Kider (например, в земле Северный Рейн-Вестфалия), и фамилия могла закрепиться за выходцем оттуда. В еврейской среде фамилия Кидер (Kider) могла возникнуть как вариант фамилии Киддер или быть сокращением от более длинной фамилии, образованной от названия профессии или места.

На русской почве фамилия Кидер встречается крайне редко. По данным переписей и телефонных справочников, её носители в основном сосредоточены в крупных городах — Москве, Санкт-Петербурге, а также в Поволжье, куда в XVIII–XIX веках активно приглашали немецких колонистов. Это подтверждает гипотезу о немецких корнях: предки современных Кидеров могли быть переселенцами из германских земель, обрусевшими со временем, но сохранившими исходную фамилию без изменений.

Интересно, что фамилия не имеет типичного русского суффикса принадлежности. Это значит, что она закрепилась в документах уже в готовом виде, без адаптации под местную словообразовательную модель. Для сравнения: если бы немецкую основу переделали по-русски, мы бы получили Кидеров или Кидерин. Но форма Кидер осталась неизменной — признак того, что фамилия либо поздняя (конец XIX — начало XX века), либо принадлежала к группе «непереведённых» фамилий немецких колонистов, которые записывались так, как звучали.