Фамилия Киеенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, самой распространённой в этой ономастике. Суффикс -енко, по сути, уменьшительно-патронимический, то есть изначально указывал на «сына такого-то» или «маленького, младшего». В отличие от великорусских -ов/-ев, которые застыли в форме притяжательного прилагательного, украинские -енко дольше сохраняли связь с прозвищем или именем отца.

Основа фамилии — Кий. Это не только имя героя-основателя Киева (Кий, Щек и Хорив), но и вполне реальное древнерусское нецерковное имя Кий, известное по летописям. Корень «кий» означал «палка, посох, дубина», а в переносном смысле так могли прозвать высокого, худого человека или, наоборот, крепкого, «дубинушку». В некоторых говорах «кий» — это и кий для бильярда, но в эпоху формирования фамилий это значение было неактуально.

Таким образом, Киеенко — это «сын Кия». Человек, чей отец носил прозвище или редкое имя Кий. Географически фамилия тяготеет к центральным и левобережным областям Украины (Черкасская, Полтавская, Киевская губернии), где суффикс -енко давал до 60% всех фамилий. Встречается и в России, куда попала с миграцией малороссийского казачества и крестьян в XVIII–XIX веках.

Стоит обратить внимание на двойную гласную «ее» в корне. В украинском языке это нормальная передача звучания (Кієнко), а в русском написании буква «ё» часто заменялась на «е», отсюда и форма Киеенко, а не Киенко. Встречаются варианты Киенко, Киянко, Киенков — все они однокоренные, но Киеенко сохранила наиболее точную фонетическую запись.

Сословно фамилия не маркирована: её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для поздних украинских фамилий, оформившихся в массе своей к XVII–XVIII векам.