Фамилия Киликян — яркий пример армянской модели образования, где суффикс -ян (в более старых формах -янц) указывает на принадлежность к роду, происхождение от предка. Это самый распространённый патронимический суффикс в армянской ономастике, соответствующий русским окончаниям -ов/-ев или -ин. Буквально Киликян означает «из рода Килика» или «потомок Килика».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Килик. Его происхождение неоднозначно, и здесь есть два правдоподобных пути. Первый: имя могло возникнуть от армянского слова «килик» (киликия) — так называлась историческая область Киликия на юго-востоке Малой Азии, где в Средние века существовало армянское Киликийское царство. В этом случае прозвище Килик давали выходцу из той земли, переселенцу. Вторая версия, не менее вероятная, связывает имя с тюркским словом «килик» (в разных диалектах — «маленький», «короткий», «кривой»). В армяно-тюркском пограничье такое прозвище могло указывать на невысокий рост человека или какую-то особенность внешности.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду таких же армянских фамилий, как Аветисян, Геворкян, Петросян, но с той разницей, что основа Килик — не каноническое христианское имя, а скорее бытовое прозвище или топонимическое указание. Это делает фамилию более редкой по сравнению с массовыми патронимами от библейских имён.

Географически Киликян — фамилия, типичная для армянской диаспоры, особенно для регионов, связанных с историческими миграциями: западная Армения, юг России, Кубань, Ставрополье, Ростовская область. В самой Армении фамилия встречается, но не входит в число самых частотных, что подтверждает её возможное прозвищное или локальное происхождение.

Социальный статус предков-носителей фамилии мог быть самым разным: от ремесленников до крестьян, поскольку армянские фамилии на -ян в массе своей не были дворянскими, а фиксировали родовую принадлежность в среде простого народа. Если основа действительно связана с Киликией, то предки могли быть потомками жителей того древнего государства, что придаёт фамилии исторический вес.